モグラ説がそのとおりとした場合、多分対応策はないと思います。
やるとすれば、タマネギ畝の周囲に臭気を嫌いとされているカプサイシン＝唐辛子粉を継続して蒔き続けるか、物理的に侵入されないよう地中に障害物を設置するかと思います。
音響パルスを発信する器機はさほど効果はありいません。

なお、トンネルはどこかの方向をむいて線形にあるわけですから、そのライン上のタマネギも浮いていると思いますので、根元を〆てやる必要があると思います。

最後に、疑問提起ですが、タマネギが植えたばかりなら３ｃｍくらいしか入ってないのに、モグラのトンネルは５～１０ｃｍ下なので、直ちにモグラ説が成立するかはちょっと疑問です。

初めまして、ですか…。
うちの庭にもモグラがいるようで、時々畝の下が空洞になっていることがありますが、穴を見つけた時は出来る範囲で穴を埋めてあとはなるに任せそのままにしています。
根が大きく張るものだと穴があっても成長するものもあるみたいですが、玉ねぎはちょっと無理かも知れませんね。
効果の程は定かではありませんが、ペットボトル利用の風車を挿しておくと極狭い範囲ですが風車が風で回るときの振動が地面に伝わってモグラ除けになるそうです。
暇と材料があれば作ってみては…。
https://matome.naver.jp/odai/2133619405196175201
ちなみに、モグラがいなくなるのは振動を嫌ったミミズがいなくなるのでそれを捕食するモグラが来なくなる、と、他のナビラーさんの解説もありました。
http://saien-navi.jp/pg/blog/read/4740091?cid=552240&annoff=0

タマネギが枯れる、溶けることの原因のひとつに虫害があると家庭菜園教室で聞きました。中でも要注意はタネバエによる被害です。私は暴風対策も兼ねて防虫ネットを張っています。虫が近づかないような忌避剤のようなものを使ってみるのも良いかも。

コンタさん
ありがとうございます。
いくつか植え替えましたが、ライン上に穴が空いてました。
でも原因はモグラとは言い切れないのですね。確かに葉が弱ってた状況でもあったのですが、しっかり活着しているのもあったので、穴を見てモグラと思ってしまいました。
唐辛子粉を撒きつつ、他の原因もあるか様子を見てみます。

タヌタヌさん、初めまして。
コメントありがとうございます。
振動はモグラが嫌うのではなく、ミミズが嫌い、その結果なのですね。
子供と工作して試してみます。

チックさん、ありがとうございます。
タネバエもその原因なのですね。
昨年は霜で弱った時にだけネット張りましたが、基本的には青空でやってました。
ネット試してみます。